Centre de Ressources Génétiques des Légumineuses

La collection du Centre de Ressources Génétiques des Légumineuses, INRA- UMR LEG Dijon, englobe une sélection représentative de la variabilité génétique naturelle pour le pois, la féverole et le lupin blanc, ainsi qu'une collection de mutants induits de pois. Pour Medicago truncatula, le Centre de Ressources s'appuie sur deux collections : une collection de matériels (populations, lignées et lignées recombinantes) issus de la diversité naturelle gérée par l'UMR DIAPC - INRA de Montpellier dont le contenu et la description sont visibles sur le site suivant http://www1.montpellier.inra.fr/BRC-MTR/ ext et une collection de mutants induits (ressource TILLING et la collection de mutants TnT1) gérée par l'UMR LEG. La description des collections conservées à l'INRA de Dijon sont accessibles via le site suivant http://www2.dijon.inra.fr/urleg/ressourcesgenetiques/ressourcesgenetiques.htm ext et quelques donnes complémentaires sont disponibles sur le site http://195.220.91.17/legumbase/ ext

Plante forme de Génotypage à haut débit GENTYANE

INRA, Université Blaise Pascal, UMR 1095 Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand
Centre Jean Perrin, Centre de Lutte Contre le Cancer en Auvergne, Clermont-Ferrand
La plate-forme GENTYANE a pour vocation d’apporter une réponse :
  1. à la fois aux besoins de génotypage d’espèces pour lesquelles l’information de marquage est étendue (humain, mammifères) avec des technologies adaptées (séquençage allélique, génotypage de SNP) et pour des espèces disposant de stocks de marqueurs plus limités (microsatellites, quelques SNP) ;
  2. aux besoins actuels de décomplexification des génomes chez toutes les espèces pour un re-séquençage spécifique de certaines régions d’intérêt (capture de séquence et séquençage haut débit) ;
  3. en terme de développement des technologies innovantes de génotypage très haut débit sur puce (Insertion Site Based Polymorphism : ISBP). La plate-forme est ouverte à tout type de matériel végétal ou animal.
La plate-forme GENTYANE maîtrise les techniques essentielles permettant le génotypage à moyen et haut débit par typage d’amplicons ou par re-séquençage d’allèles. Les méthodes utilisées et les capacités maximales sont les suivantes :
  • Génotypage Microsatellites (SSR) (actuellement 60% de l’activité de la plate-forme) : sur séquenceur capillaire ABI3730 XL et ABI3130XL.
  • Génotypage de SNP (actuellement 15% de l’activité de la plate-forme) : pour ce faire, différentes technologies sont utilisées sur la plate-forme : TaqMan sur PCR quantitative ABI7900HT (capacité maximale de 3,75 millions de points par an) ; SNaPshot (kit Applied Biosytems) sur séquenceur capillaire ABI3730XL ; Illumina BeadExpress (Veracode) ; par re-séquençage d’allèles sur Roche GS-FLX 454.
  • Génotypage ISBP (Insertion Site Based Polymorphisms actuellement 25% de l’activité de la plate-forme, sur blé seulement) : sur PCR Quantitative ABI7900HT (courbe de dissociation), ; sur plate-forme Nimblegen (puce 135 000 ISBP en cours de développement) ; Illumina BeadExpress (Veracode).
Pour réaliser les projets, différentes prestations sont proposées :
  1. la totalité de l’expérimentation peut être menée par le personnel de la plate-forme si le programme est de taille raisonnable ou par un CDD recruté sur contrat si le nombre de données à produire est important. Dans les deux cas, les résultats bruts et finaux (après interprétation) sont fournis au demandeur dans le format défini au début du projet (tableau, texte, figures…) ;
  2. l’expérimentation peut être menée par un personnel de l’équipe proposante accueilli sur le site. Dans ce cas, la personne a accès aux appareils et aux modes opératoires et une formation est dispensée au démarrage du projet. Elle a alors en charge l’analyse des données et peut utiliser toutes les facilités de l’unité pour les mettre au format désiré ;
  3. pour les projets de séquençage allélique sur séquenceur Roche GS-FLX 454, les projets externes sont conduits entièrement sur le site du Centre Jean Perrin (CJP) par son personnel car il est actuellement le seul habilité à y opérer. Cependant, pour les projets importants, si l’équipement le permet et après formation, le laboratoire demandeur peut réaliser certaines étapes du protocole dans ses propres locaux. Le nombre et la nature des étapes sont le résultat d’un accord préalable. Le chargement des produits sur le séquenceur reste de la responsabilité du personnel du Centre. En revanche, l’analyse des données de séquençage peut être réalisée dans le laboratoire demandeur.
Contact :
charles.poncet@clermont.inra.fr
pierre.sourdille@clermont.inra.fr
Web : http://www1.clermont.inra.fr/umr1095/team.php?id=5 ext

Plateforme de Validation Fonctionnelle de Gène Chez le Blé

INRA, Université Blaise Pascal, UMR 1095 Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand
Les objectifs de la plateforme sont 1) de développer et d’acquérir tous les outils nécessaires à la transformation génétique du blé tendre, et de mettre ces outils à disposition des équipes de recherches qui en font la demande, et 2) de conduire des projets de recherche méthodologique visant à améliorer la qualité des transformants produits. Les outils actuellement disponibles sont :
Conception de projets : Une assistance scientifique et technique visant à optimiser les résultats obtenus par la technique de transgénèse en fonction de la question scientifique posée est proposée par les responsables de la plateforme lors de la conception et de la mise en place des projets.
Constructions : Un atelier de construction de plasmides et de purification de cassettes pour la transgénèse a été mis en place. Outre les techniques classiques de clonage par coupure/ligation, cet atelier utilise la technologie Gateway à trois entrées (Gateway Multisite). Cette technologie nous permet de réaliser très rapidement des constructions simples (promoteur / gène / terminateur / cassette de sélection) ou d’envisager de réaliser des constructions complexes (jusqu’à 9 éléments successifs dans le bon ordre et la bonne orientation).
Transgénèse : La technique actuellement utilisée est la biolistique (protocole CIMMYT) sur des embryons immatures avec les gènes de sélection BAR (Basta resistance) ou PMI (Phospho Mannose Isomerase). Pour la validation fonctionnelle de gènes, nous réalisons des expérimentations de surexpression ou d’extinction par RNAi.
Analyse des plantes : Les outils classiques d’analyse moléculaire (extraction d’ADN à moyen débit, PCR, Southern blot) sont disponibles au laboratoire, de même que des outils d’expérimentation (culture en pots ou en peuplement dans des bacs de 2m3 en conditions contrôlées et confinées, conformément à la règlementation).
Communication scientifique : Les responsables de la plateforme sont mandatés par l’INRA pour intervenir dans le cadre de formations, interviews ou débats publics sur le thème des OGM.
Contact: barret@clermont.inra.fr
Web : http://www1.clermont.inra.fr/umr1095/team.php?id=7 ext

Centre de Ressources Génétiques Céréales à Paille

INRA, Université Blaise Pascal, UMR 1095 Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales, Clermont-Ferrand
Le Centre de Ressources Génétiques (CRG) des céréales à pailles de Clermont-Ferrand regroupe les espèces majeures d'intérêt agronomique des genres Triticum (blé), Hordeum (orge), Secale (seigle), Triticosecale (triticale) et Avena (avoine), et leurs apparentées sauvages. Une partie des accessions conservées sont des ressources génétiques "patrimoniales" (variétés populations, lignées de sélections, lignées élites fixées), qui représentent environ 10 000 blés tendres, 2 000 blés durs, 6 500 orges, 1 000 triticales, 800 avoines et 50 seigles. Ces collections sont représentatives de la diversité génétique française, notamment dans la collection de blé tendre avec une large représentation des populations de pays, des variétés anciennes du XIXème siècle telle que celles de la collection Vilmorin, des variétés élites du XXème siècle et des lignées de sélection. Des informations complémentaires sont disponibles sur le site.
Le CRG gère également près de 10 000 accessions d'intérêt scientifique dédiées aux études de génomique ; il s'agit de tout un cortège de matériel scientifique : lignées porteuses de caractères particuliers comme des résistances aux maladies, matériel d'intérêt cytogénétique et moléculaire, population de cartographie génétique, mutants de délétion, etc.
L'ensemble de ces ressources constitue un réservoir précieux autant pour des approches fondamentales de génomique que pour des applications plus finalisées de sélection. Elles permettent d'une part de préserver la diversité existante, mais également de revenir à du matériel original par rapport aux standards du moment pour répondre, par le biais de l'amélioration des plantes, à de nouveaux enjeux pour l'agriculture et l'alimentation.
Contact :
audrey.didier@clermont.inra.fr
et francois.balfourier@clermont.inra.fr
Web : http://www1.clermont.inra.fr/umr1095/team.php?id=8 ext